[Q&A(자주 묻는 질문)] ⑪ 분할 등기 시 지목별 취득세 및 절세 전략은?

농촌 지역의 토지를 보유한 사람들, 특히 농지연금이나 농지은행 제도를 활용하고자 하는 고령 농업인에게 ‘분할 등기’는 단순한 절차 그 이상이다. 경작지와 주거용 대지가 섞여 있는 복합 필지를 정리하고, 제도적으로 활용 가능한 구조로 바꾸기 위해서는 반드시 지목 변경 또는 분할 등기를 고려해야 한다.

하지만 많은 신청자들이 분할을 망설이는 가장 큰 이유는 바로 ‘세금’이다. 토지를 분할하고, 지목을 변경하는 과정에서 과연 어떤 취득세가 발생하는지, 세율은 얼마인지, 면제 또는 절세 전략은 있는지 등 실무적으로는 명확히 알려진 정보가 드물다.

이 글에서는 2025년 기준 분할 등기 시 지목별로 발생하는 취득세의 구조, 발생하지 않는 경우와 발생하는 사례, 농지·대지·잡종지 각각의 세율 차이, 그리고 실제 가능한 절세 전략까지 현실적으로 정리한다.

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분할 등기 자체에는 취득세가 발생하지 않는다 — 단, ‘지목 변경’은 다르다

우선 분명한 사실은, ‘단순한 분할 등기’만으로는 취득세가 발생하지 않는다는 점이다.

예를 들어 하나의 필지를 둘로 나누기 위한 지적 분할(예: 경작지와 주택부지를 나누기 위한 등기 정리)은 ‘소유권 변동’이 없는 단순 행정 절차이기 때문에 과세 대상이 아니다.

하지만 문제가 되는 것은 바로 그 다음 단계, 즉 지목 변경이 수반되는 경우다.

지목이 ‘전(田)’ 또는 ‘답(畓)’이었던 농지를 분할한 뒤, 일부를 ‘대(垈)’로 변경하거나, 지목을 ‘잡종지’로 전환하게 되면 세법상 ‘사실상의 용도 변경’으로 간주되어 취득세가 부과될 수 있다.

 

즉, 지목 변경이 수반된 분할은 ‘신규 취득’으로 보는 것과 동일한 세법적 해석이 적용된다.

 

 

지목별 취득세 기본 세율 구조 (2025년 기준)

현행 지방세법상, 토지의 지목에 따라 취득세율은 다음과 같이 구분된다.

• 농지(전·답·과수원)
  → 기본 세율 3.5% (농업 목적이 명확하고 일정 요건 충족 시 감면 가능)
• 대지(대)
  → 세율 4.6% (주택 건축 목적일 경우, 농지보다 높음)
• 잡종지
  → 세율 4.6% 이상 (실사용 목적에 따라 변동)

다만, 위 세율은 일반적인 과세 대상 취득에 한하며, 농지법 제69조에 따른 ‘농지전용허가’, ‘농지전용신고’, ‘농업인 직접 사용 목적’ 등 면제 사유가 입증되면 취득세는 0%까지 면제될 수 있다.

결국, 지목 변경과 관련된 취득세 부담 여부는 변경 목적, 변경된 지목의 용도, 토지 소유자의 자격 요건에 따라 다르게 적용된다.

 

 

취득세가 발생하는 대표적인 사례들

1. 경작지 중 일부를 ‘대’로 변경하여 자녀 명의로 증여한 경우
   이 경우, 지목 변경 + 소유권 이전이 동시에 발생하기 때문에 증여세와 취득세가 함께 부과된다. 특히 대지로 전환된 면적은 주거·상업 목적 토지로 간주되어 4.6% 이상의 세율이 적용된다.
2. 잡종지로의 변경 후 상가·창고 등 비농업 목적 건축을 한 경우
   원래 전 또는 답이었던 농지를 잡종지로 변경하여 별도 용도로 사용하면, 실질적 용도 변경이므로 농지 전용 부담금 + 취득세 + 등록세까지 발생할 수 있다.
3. 부부공동 명의였던 농지를 분할하여 1인 명의로 단독 등기한 경우
   이 또한 소유권 비율 변경에 해당하는 것으로, 공유물 분할이 아닌 경우에는 취득세 부과 대상이 된다.

 

 

취득세가 면제되는 대표 사례들

1. 동일 소유자가 지목만 변경한 경우, 실사용 목적이 농업인 경우
   예를 들어 기존 전답을 단순히 위치 조정을 위해 ‘답 → 전’으로 바꾼 경우, 또는 주말농장, 소규모 하우스 조성을 위한 전용일 경우, 취득세 면제 요건에 해당될 수 있다.
2. 농업인이 자신의 경작 목적으로 전용허가를 받아 지목을 바꾼 경우
   이때는 지방자치단체장이 발행하는 농지전용허가증을 근거로 하여, 지방세 감면 조항이 적용된다.
3. 농지연금 신청을 위한 분할이면서, 담보용도 외 사용이 없을 경우
   이 경우도 지자체에 따라 판단이 갈리지만, 농지연금 연계 목적이라는 ‘공익성’이 인정되면 과세를 유예하거나 면제하는 사례도 있다.

※ 단, 면제 여부는 반드시 관할 지자체 세무과와 사전 협의가 필요하며, 무조건 자동 면제는 아니다.

 

 

실전 절세 전략: 세금 줄이는 분할 등기 진행법

1. 분할 전후 지목을 유지하는 방식으로 구조를 설계하라
   만약 기존 농지 내에 주택이 존재한다면, 그 주택부지를 별도 필지로 분할하되, 지목을 ‘대’로 변경하지 않고 유지하는 방식도 가능하다. 이 경우 주택이 있더라도 기존 지목 유지로 인한 세금 발생 가능성 최소화가 가능하다.
2. 지목 변경을 사전에 진행하지 말고, 필지 분할만 우선 하라
   실무상 가장 안전한 절세 방법은 ‘지목 유지 상태에서 필지 분할만 진행’하는 것이다. 추후 별도로 건축 또는 용도 변경이 필요한 경우 그때 지목 변경을 신청하는 방식으로 나눠서 처리하면, 초기 단계에서 과세 가능성을 최대한 피할 수 있다.
3. 소유권 이전 없이 분할하고, 동일 명의 유지하라
   농지 분할 후 자녀나 제3자 명의로 이전하지 않고, 기존 소유자가 그대로 명의 유지할 경우, 취득세 발생 요건에 해당하지 않는다. 특히 증여 목적이 아닌 ‘자산 구조 재정비’ 목적이라면 명의 이동은 가급적 피해야 한다.
4. 농지전용허가를 통한 감면 조건 확보
   잡종지나 대지로의 변경이 반드시 필요할 경우에는 사전에 농지전용허가를 받고, 변경 목적에 농업적 활용도나 필요성을 명확히 명시하면 감면 혜택을 기대할 수 있다.

 

 

결론: 분할 등기 자체는 부담이 없지만, 지목 변경은 철저히 계획해야 한다

농지를 분할해 연금 신청이나 자산 활용 구조를 만드는 것은 고령 농업인이나 토지 소유자에게 반드시 필요한 전략이다. 그러나 지목 변경이 수반되는 분할은 과세 당국의 입장에서 ‘신규 용도 취득’으로 해석되기 때문에 취득세를 비롯한 각종 세금 부담으로 이어질 수 있다.

분할 등기 자체는 취득세 대상이 아니지만, 지목 변경, 소유권 이전, 실사용 목적 변경이 함께 발생하면 세무적 영향은 매우 커진다. 무엇보다 중요한 것은 사전에 세무사 또는 지자체와의 협의를 통해 최소한의 과세 구조를 설계하고, 불필요한 변경은 피하는 것이다.

특히 65세 이상 농업인에게는 지방세법상 감면 조항이 존재하므로, 이런 조건을 적극 활용한 사전 절세 전략이 필수다.